Najłatwiejszym sposobem na to jest prawdopodobnie wyłączenie sprawdzania kluczy obcych, a następnie obcięcie tabel. Ponieważ klucze obce są wyłączone, kolejność obcinania tabel nie ma znaczenia.
set foreign_key_checks = 0;
truncate table parent;
truncate table child;
truncate table ...
Możesz nawet użyć schematu information_schema do wygenerowania instrukcji obcinania tabeli. Coś takiego:
select concat('truncate table ',table_schema,'.',table_name,';') as sql_stmt
from information_schema.tables
where table_schema = 'your_schema_name'
and table_type = 'base table';