Wysyłanie wiadomości e-mail w formacie HTML powoduje, że wiadomość e-mail wyświetla źródło HTML (klasa e-mail Codeigniter)

Spróbuj dodać mailtype do konfiguracji:

$config = Array(
    'mailtype' => 'html',
    ...etc...
);

Zobacz http://codeigniter.com/user_guide/libraries/email.html