Pobierz dane MySql i przechowuj je w tablicy JavaScript

while($row= mysqli_fetch_assoc($dbcon,$result)){
    $data[] = array("lat"=>$row["geo_lat"], "lon"=>$row["geo_long"], "value"=>1);
}
echo json_encode($data);

powinien dać ci to, czego szukasz. podczas budowania danych dla json_encode po prostu używaj natywnych typów php zamiast json, niech json_encode się tym zajmie