Wyciąg ze specyfikacji JPA 2.0, rozdział 11.1.38 Adnotacja OrderBy:
więc powinieneś raczej dodać adnotację workflowStepList z:
@OrderBy(value = "id.stepSeqNo")
private List<WorkflowStep> workflowStepList;
w ten sposób wskazując, że stepSeqNo należy do WorkflowStep do osadzenia.