Czy bardzo małe tabele MySQL ignorują indeksy?

NOT IN ( SELECT ... ) jest bardzo słabo zoptymalizowany, szczególnie w starszych wersjach.

Zmień na to:

SELECT  abc.*
    FROM  abc
    LEFT JOIN  zyx  ON zyx.abc_id = abc.id
    WHERE  zyx.abc_id IS NULL;
AND  zyx.id = 12345 ;

W przypadku zyx użyj INDEX(id, abc_id) lub INDEX(abc_id, id)

Jeśli zyx.id to PRIMARY KEY , Twoje zapytanie nie ma większego sensu — po co testować pojedynczy wiersz (12345)?