Ten błąd nie ma nic wspólnego z php.ini, jest to wyraźnie komunikat o błędzie z DBMS.
Możesz zwiększyć wartość max_allowed_packet w pliku my.cnf:
[mysqld]
max_allowed_packet = 128M
Po ponownym uruchomieniu mysqld powinno działać (dla większych danych zwiększ wartość bardziej)
Jeśli próbujesz "importować za pomocą putty", wydaje mi się, że używasz mysql z wiersza poleceń, w tym przypadku możesz uruchomić mysql z parametrem --max_allowed_packet, np.:
mysql --max_allowed_packet=128M -u root -p sampledb < dump.sql
Alternatywnie, jeśli pobierasz plik z uruchomionej sesji mysql, możesz ustawić parametr przez:
set global max_allowed_packet=128M;
tylko ostatni przykład działa do następnego restartu mysqld, dla trwałego rozwiązania trzymaj się mojego pierwszego przykładu.