Możesz edytować cały ciąg. .
Mam na myśli tylko użycie funkcji str_replace
np.
$string = "skype,teamviwer,notepad";
$old_value = "skype";
$new_value = "facebook";
$new_string = str_replace($old_value,$new_value,$string);
Następnie po prostu zaktualizuj ten nowy ciąg do tabeli bazy danych. .