PHP i MySQL odejmują sekundy od czasu

Możesz to zrobić bezpośrednio w bazie danych za pomocą MySQL SUBTIME()

// from the manual
mysql> SELECT SUBTIME('2007-12-31 23:59:59.999999','1 1:1:1.000002');
        -> '2007-12-30 22:58:58.999997'

Możesz też pobrać czas z MySQL i zrobić to w PHP, używając DateTime::sub()

 // again from the manual
 <?php 
 $dateA = date_sub('2000-01-20', date_interval_create_from_date_string('1 second')); 
 ?>