Optymalizacja MySQL na tabelach łączenia z kryteriami zakresu

chrom_only prawdopodobnie będzie złym wyborem indeksu dla twojego sprzężenia, ponieważ masz tylko wartości chrom 22.

Jeśli dobrze zinterpretowałem, zapytanie powinno być szybsze, jeśli używam start_end

SELECT `inVar`.chrom, `inVar`.pos, `openChrom_K562`.score
FROM `inVar`
LEFT JOIN `openChrom_K562`
USE INDEX (`start_end`)
ON (
`inVar`.chrom=`openChrom_K562`.chrom AND
`inVar`.pos BETWEEN `openChrom_K562`.chromStart AND `openChrom_K562`.chromEnd
)