ER_CON_COUNT_ERROR:Błąd zbyt wielu połączeń w node-mysql

MySQL domyślnie akceptuje maksymalnie 100 jednoczesnych połączeń. W twoim przypadku tworzysz ~1500, więc wyświetlany błąd jest normalny. Możesz zwiększyć tę wartość, ale problem tkwi w Twoim kodzie.

Zamiast tego powinieneś użyć basenu. Spowoduje to, że węzeł utworzy pulę połączeń (myślę, że domyślnie jest to 10) i pozwoli na ich współdzielenie przez twoje zapytania:

    var mysql = require('mysql');
    var pool  = mysql.createPool({
        host     : 'xxx.xxx.xxx.xxx',
        database : 'mydb',
        user     : 'test',
        password : 'test'
    });
    for (var i=0; i<size;i++) {
        pool.getConnection(function(err, connection) {
          connection.query( 'INSERT INTO ...', function(err, rows) {
            connection.release();
          });
        });
    }

Możesz również rozważyć użycie jednego połączenia i wstawić wszystko na raz. Możesz zobaczyć w tym odpowiedz, jak to osiągnąć.