Jak zapobiec automatycznemu wylogowaniu w codeigniter?

Prawdopodobnie wykonujesz żądania ajax, jest to powszechny problem...

Sugerowałbym korzystanie z bazy danych sesji i wykonywanie wywołań ajax, aby nie aktualizować sesji...

Zrób to na swojej sesji lekcyjnej

class MY_Session extends CI_Session {

public function sess_update()
{
    $CI =& get_instance();

    if ( ! $CI->input->is_ajax_request())
    {
        parent::sess_update();
    }
}
}