Widzę dwa problemy:
Konserwacja - wprowadzanie zmian w bazie danych (zmiana struktury tabeli, modyfikacja SP itp.) będzie trudne, jeśli masz tysiące baz danych. Jasne, że możesz opisać zmiany, ale tak wiele baz danych to o wiele więcej szans na to, że coś pójdzie nie tak. Co zrobisz, jeśli twój skrypt nie powiedzie się w połowie, a niektóre bazy danych mają zmiany, a niektóre nie? Ponadto, jak wspomniał inny autor, co z utrzymaniem takich rzeczy, jak parametry połączenia, loginy/hasła itp.?
Zasoby — nie jestem pewien, jakich zasobów używa każda instancja bazy danych, ale uruchamianie tak wielu baz danych musi wiązać się z pewnym obciążeniem. Jeśli podzielisz go na kilka komputerów, ponownie napotkasz powyższy problem z konserwacją.
