Problemem jest format danych json, które pochodzą z (skojarzeniowej) tablicy wyjściowej $. nie chcesz w nim tych „PER”! spróbuj zastąpić te wiersze kodu:
while($e=mysql_fetch_assoc($q))
$output[]=$e;
print(json_encode($output));
z tymi:
while($e=mysql_fetch_assoc($q))
$output[]=$e["PER"];
print ('['.json_encode($output).']');
zmieni to $output z tablicy asocjacyjnej na standardową tablicę liczb całkowitych.
a linia print dodaje dodatkowe nawiasy kwadratowe wokół danych json - czego wymaga jqplot.