MySql może zignorować indeks, jeśli indeks powoduje dostęp do więcej niż 30% wierszy tabeli. Możesz spróbować FORCE INDEX [nazwa_indeksu], w każdym przypadku użyje indeksu.
Wartość sysvar_max_seeks_for_key wpływa również na to, czy indeks jest używany, czy nie:
-
http://dev.mysql.com /doc/refman/5.0/en/server-system-variables.html#sysvar_max_seeks_for_key
Spróbuj zmienić tę wartość na mniejszą.
Szukaj podobnych wniosków na SO.