Tak więc znalazłem działający proces mysqld przez sudo lsof -i tcp:3306 potem zabiłem go za pomocą sudo kill -9 <PID> .
Następnie spróbowałem mysql_secure_installation ponownie, ale pojawił się nowy błąd:
Po wypróbowaniu kilku poprawek, aby uruchomić mysql.sock, uruchomiłem serwer MySQL z sudo mysql.server start następnie poszedł dalej z mysql_secure_installation aby ustawić hasło dla użytkownika root.
To w końcu zadziałało.
