Jeśli wykonasz tabelę UPDATE LOW_PRIORITY table ... upewnisz się, że wykona aktualizację tylko wtedy, gdy nie robi nic innego. Poza tym nie sądzę, że MySQL ma wiele opcji.
Poza tym, czy teraz powoduje to problemy, czy po prostu optymalizujesz coś, co nie stanowi problemu? Osobiście, gdybym grupował takie aktualizacje, po prostu wstawiłbym wszystkie identyfikatory do memcached i używałbym cronjob do aktualizacji co 5 minut.
