Spróbuj tego:
...
ON DUPLICATE KEY UPDATE
rFormat=VALUES(rFormat),
rFiles=IF(ISNULL(rFiles), VALUES(rFiles), VALUES(rSizeMB)),
rText=VALUES(rText);
Od jakiegoś czasu nie używałem bardziej zaawansowanych rzeczy MySQL (takich jak IF), więc nie jestem tego pewien, ale powinno być w porządku. Kluczową częścią jest ustawienie rFiles na wartość zwracaną przez IF.