Zmienne Mysql nie działają przez zapytanie php mysql

Zamiast ustawiać zmienne w oddzielnym SET , czy próbowałeś użyć CROSS JOIN? :

$query = " 

SELECT `id`,
  `rank`,
  @num := if(@points = `rank`, @num, @num + 1) as `point_rank`
FROM `said`
CROSS JOIN (SELECT @points:=-1, @num:=0) c
ORDER BY `rank` *1 desc, `id` asc";