Od niektórych google i tego wątku reddit , ustaliłem, że musisz ustawić domyślne ustawienia regionalne.
Polecenie, które zadziałało dla mnie, to:
mysqldump --default-character-set=latin1 --lock-tables=false --single-transaction=TRUE --host=$HOST --user=$USER --password=$PASSWORD $DB
Użyłem zarówno tabel lock-table, jak i pojedynczej transakcji, ponieważ mam mieszankę tabel myisam i innodb.