Patrzyłem w niewłaściwe miejsce! Problem nie pochodził od biegacza, ale od samego SONARu. Musiałem zmienić plik konfiguracyjny sonaru '/opt/sonar' i zrestartować go. Na stronie ustawień widzę teraz, że sonar działa na mysql. Mam inny problem z runnerem, ale nie jest to związane z powyższym problemem.
Więc w zasadzie upewnij się, że zarówno SONAR, jak i SONAR-RUNNER są skonfigurowane do pracy z mysql.