Chociaż mysqldump jest często zgłaszaną przyczyną tego, nie jest jedyną.
W moim przypadku uruchomienie artisan:migrate na dowolnej bazie danych spowoduje również wyzwolenie tego błędu dla różnych baz danych na tym samym serwerze.
http://bugs.mysql.com/bug.php?id=42041 Wspomina o blokadach/opróżnieniach tabel, które byłyby wywoływane w mysqldump, więc warto sprawdzić, czy masz jednocześnie jakieś migracje, blokady lub opróżnienia.
Nieudane próby przełączenia przygotowań na emulację.
'options' => [
\PDO::ATTR_EMULATE_PREPARES => true
]