Utknąłeś, wykonując ALTER TABLE. Najlepszym możliwym sposobem skutecznego radzenia sobie z tym problemem jest użycie konfiguracji MASTER-MASTER.
Możesz najpierw zmodyfikować MASTER1 i po prostu użyć MASTER2 w produkcji. Następnie przełączasz się i robisz dokładnie odwrotnie.