MySQL pomija wiersze, które użytkownik już widział podczas sprawdzania widzianej tabeli

Musisz przenieść ograniczenie na uuid_user z WHERE klauzula ON klauzula przyłączenia:

SELECT * 
FROM maintable m 
LEFT JOIN seentable s 
    ON m.uuid = s.uuid AND s.uuid_user = '[user]'
WHERE s.uuid IS NULL;

Powyższe jest logiką, której chcesz tutaj. Teraz udane połączenie między rekordami z dwóch tabel następuje zawsze, gdy uuid wartości pasują do i kiedy uuid_user wartość z widzianej tabeli pasuje do jakiejś wartości. Zauważ, że powinien uuid_user wartość nie pasuje do dowolnego rekordu, nie zostanie odfiltrowany, co stanie się z bieżącym zapytaniem.