Z tego, co zaobserwowałem, Doctrine używa trwałych połączeń.
Natknęliśmy się na problem, uruchamiając testy jednostkowe w symfony2, gdzie baza danych została zasypana połączeniami w stanie "Uśpienie". Rozwiązanie, które zadziałało dla nas:
$entityManager->getConnection()->close();
