Jak uzyskać ogólnie najpopularniejsze tagi ze znormalizowanych tabel?

Możesz dokonać prostej modyfikacji zapytania:

SELECT t.id, t.tag, COUNT(*) AS cnt
FROM tags_xref xrf INNER JOIN
     tags t
     ON xrf.tag_id = t.id
GROUP BY t.id, t.tag
ORDER BY COUNT(*) DESC
LIMIT 20;

Przypuszczalnie różne identyfikatory to NULL kiedy nie są odpowiednie. Jeśli z jakiegoś dziwnego powodu faktycznie zapisałeś wartości we wszystkich trzech identyfikatorach dla danego odnośnika, możesz zrobić:

SELECT t.id, t.tag,
       (COUNT(story_id) + COUNT(discussion_id) + COUNT(article_id) ) AS cnt
FROM tags_xref xrf INNER JOIN
     tags t
     ON xrf.tag_id = t.id
GROUP BY t.id, t.tag
ORDER BY cnt DESC
LIMIT 20;