1064, Wystąpił błąd w składni SQL;... Python MySQL

data wartość to lista i próbujesz sformatować go w zapytaniu. I nie używaj formatowania ciągów do wstawiania zmiennych do zapytania - użyj odpowiedniej parametryzacji zapytań zamiast tego:

cursor.execute("""
    UPDATE 
        tplinkus_rma.rma_order 
    SET 
        rma_num=%s 
    WHERE 
       order_id=%s""", (data[0], Id))

Zwróć uwagę, jak parametry zapytania są umieszczane w krotce i przekazywane jako oddzielny argument.