Miałem ten sam problem. Rozwiązałem to, wykonując ZMIEŃ KOLUMNĘ (lub ZMIEŃ KOLUMNĘ) przed DODAJ KOLUMNĘ.
W twoim przykładzie dałoby to następującą instrukcję SQL:
ALTER TABLE `logs`
CHANGE COLUMN `created` `created` DATETIME NULL DEFAULT NULL AFTER `category`,
ADD COLUMN `updated` DATETIME NULL DEFAULT NULL AFTER `created`;