Wypróbuj LINES TERMINATED BY '\r\n'
To zadziała dla plików kończących się liniami '\r\n', ale także '\r' i '\n'. Z dokumentacji MySQL:
[EDYTOWANO]
Musisz także dodać \r\n
do klauzuli FIELDS TERMINATED BY
aby powiedzieć parserowi, aby nie umieszczał symboli końca linii w ostatnim polu pierwszej linii. Więc
FIELDS TERMINATED BY ';, \t\r\n'
zadziała w większości przypadków.