Otrzymywałem ten sam błąd i po przeszukaniu pierwszych 4 stron google i wypróbowaniu wszystkiego, co zasugerowano (naprawianie tabel, przenoszenie my.cnf, usuwanie blokad, ponowne uruchamianie itp.) nic nie działało. Okazało się, że to dlatego, że ręcznie wyczyściłem niektóre stare logi binarne (binary.00001, binary.00002 itd.), ale nie zaktualizowałem pliku binary.index, aby pasował. Usunąłem odpowiednie wiersze z pliku binary.index i po prostu zadziałało.