Jeśli dane znajdują się we właściwym folderze, będą one widoczne w MySQL lub pojawią się błędy podczas uruchamiania serwera. Sprawdź /var/log/messages i dziennik błędów MySQL (zgodnie z definicją w konfiguracji).
Jeśli nie widzisz żadnych błędów i nie widzisz danych, prawdopodobnie ścieżka danych w my.cnf wskazuje inny folder.