Tworzenie systemu przesyłania wiadomości w DB (przede wszystkim MySQL)

Nie rozumiem tutaj twojego pytania.

Twój pomysł to normalny sposób na zrobienie tego. Skonfigurowałeś tabelę z adresatem_id i message_id i uruchomiłeś względem niej zapytania, aby określić (na przykład), jakie wiadomości ma dany użytkownik. Może być również konieczne przechowywanie w tej tabeli dodatkowych danych, takich jak to, czy użytkownik przeczytał wiadomość itp., w zależności od potrzeb Twojej aplikacji.