Nie masz funkcji agregacji, więc powinieneś użyć opcji different, a nie grupować według
SELECT distinct SUBSTRING(`page_url`,-3) as pid
from `prop_log`
order by pid
a jeśli potrzebujesz tylko wierszy z cyfrą
SELECT distinct SUBSTRING(`page_url`,-3) as pid
from `prop_log`
WHERE `page_url` REGEXP '[0-9]'
order by pid
i dla liczby rzędów
SELECT SUBSTRING(`page_url`,-3) as pid
from `prop_log`
WHERE `page_url` REGEXP '[0-9]'
group by SUBSTRING(`page_url`,-3)
order by count(*)