Znalazłem obejście:
Zamiast używać jednorazowych zdarzeń i ponownie je włączać z nowym czasem rozpoczęcia (który działa idealnie, o ile w grę wchodzi tylko jedno zdarzenie), teraz tworzę powtarzające się zdarzenia i zmieniam te w ich ciele. Na przykład za pomocą
ALTER EVENT `bot1`
ON SCHEDULE EVERY 52 MINUTE;
wewnątrz swojego ciała bot kładzie się teraz spać na 52 minuty. Dzięki tej metodzie nawet wiele wydarzeń działa zgodnie z oczekiwaniami i jest od siebie niezależnych.
Nadal nie wiem, na czym polega problem z pierwszą próbą, ale najważniejsze jest posiadanie działającego rozwiązania :)