Połącz pola wierszy o tym samym identyfikatorze w MySQL

Musisz dodać group by :

SELECT m.id, GROUP_CONCAT(distinct(g.loc)) 
FROM mutations m JOIN
    genes g
    ON m.id = g.id
GROUP BY m.id;

Po drodze powinieneś nauczyć się kilku innych rzeczy:

• Użyj jawnego join składnia. Prosta zasada:nigdy nie używaj przecinków w from klauzula.
• Użyj aliasów tabeli (m i g ). Sprawiają, że zapytanie jest łatwiejsze do pisania i czytania.