Nie jestem ekspertem MySQL, ale od jakiegoś czasu używam Tomcat JDBC z Oracle. Bezczynne połączenia są tutaj utrzymywane, dopóki aplikacja nie zostanie zamknięta. Chciałbym sprawdzić logi połączeń w MySQL i włączyć logowanie w Tomcat JDBC, aby zobaczyć, kto naprawdę zamyka połączenia. Każdy z nich to robi.