Teoretycznie tak. Praktycznie najpierw musisz zdobyć (lub stworzyć samodzielnie) klasę pochodzącą z System.Data.Entity.Migrations.Sql.MigrationSqlGenerator
który będzie odpowiedzialny za generowanie SQL dla MySQL. Tu
jest więcej na temat dostosowywania (lub przepisywania) generowania kodu SQL.
Możesz również poczekać, aż deweloperzy EF obsługujących dostawców ADO.NET uwzględnią tę funkcję w swoich pakietach. Na przykład Devart już rozpoczął prace nad obsługą migracji dla ich Oracle, MySQL, PostgreSQL i SQLite.