Dzieje się tak, ponieważ nadal masz kategorie w tablicy, gdy już je przypisałeś. To, co możesz zrobić, to wykonać funkcję, w której przekazujesz argument jako odwołanie, oraz pętlę in foreach, aby mieć możliwość wyczyszczenia tablicy z już przypisanej kategorii. Poniżej prosta implementacja.
Funkcjafunction getChildren(&$rows, $p = 0) {
$r = array();
foreach($rows as $row_id => $row) {
if ($row['parent_node']==$p) {
$r[$row['product_category_code']] = getChildren($rows, $row['product_category_code']);
unset($rows[$row_id]);
}
}
return $r;
}