Przychodzi mi na myśl kilka powodów, aby to wyjaśnić:
- Python musi się uruchomić, podczas gdy Ty masz już uruchomiony Workbench.
- Python musi załadować Twój program, podczas gdy Workbench nie.
- Python musi otworzyć połączenie z bazą danych, podczas gdy workbench (zakładam) już je ma.
Aby rozwiązać ten problem, spróbuj użyć modułu timeit python (lub wykonaj ręczne odmierzanie czasu) i dołącz tylko polecenia execute/fetchall.