Przywracanie bazy danych mysql powoduje błędy

Cóż, po pierwsze, ta część kodu nie pomija komentarze, dosłownie dodaje je do twojego $templine :

    if(substr($line, 0, 2) == '--' || $line == '') //Skip all comments
        $templine.=$line;

Po drugie, tutaj próbujesz wykonać zapytanie za pomocą $templine przypisane powyżej (jeśli kiedykolwiek zostało przypisane lub w inny sposób '' ), gdzie faktycznie chcesz wykonać zapytanie za pomocą $line :

    if(substr(trim($line), -1, 1) == ';'){
        mysql_query($templine) or print('Error: '.mysql_error().'<br>');

Więc w zasadzie to powinno działać nieco lepiej:

foreach($lines as $line){
    if(substr($line, 0, 2) == '--' || $line == '') //Skip all comments
        continue;
    if(substr(trim($line), -1, 1) == ';'){
        mysql_query(trim($line)) or print('Error: '.mysql_error().'in ' . $line . '<br>');
    }
}