Na serwerze MySQL działa kilka wątków w tle. Ponadto każde połączenie z bazą danych obsługiwane jest przez pojedynczy wątek. Zapytania równoległe (wybory przy użyciu wielu wątków) nie są zaimplementowane w MySQL.
MySQL w obecnej postaci może obsługiwać "wielu jednoczesnych użytkowników". Na przykład Facebook zaczął z powodzeniem korzystać z MySQL.