Nie sądzę, że to, czego chcesz, jest możliwe:nigdy nie widziałem tego, ponieważ każda biblioteka (PDO, mysql i mysqli) używa własnego połączenia z Dabatase - co oznacza, jak zauważyłeś, że połączenia nawiązywane są przy użyciu jeden z nich nie jest udostępniany innym.
Przypuszczam, że będziesz musiał znaleźć sposób na migrację całego kodu za jednym razem – przynajmniej w przypadku części, które muszą działać na tych samych transakcjach.