Z twojego pytania zakładam, że możesz doskonale pracować ze swoją bazą danych, ale ten błąd zdarza się często po określonym czasie tego połączenia...
Przypuśćmy, że używasz node-mysql
Źródło:https://github.com/felixge/node-mysql #obsługa błędów
Twój błąd przerywa połączenie z bazą danych :
// I am Chuck Norris:
connection.on('error', function() {});
Na tej podstawie możesz sprawdzić stan połączenia i w razie potrzeby wykonać ponowne połączenie.
Możesz także spróbować połączyć się ręcznie z usługą mysql i zmienić limit czasu żądania :
wait_timeout” : the amount of seconds during inactivity that MySQL will wait before it will close a connection on a non-interactive connection in seconds.
http://www.serveridol.com/2012/ 04/13/mysql-interactive_timeout-vs-wait_timeout/
https://support.rackspace.com/how-to/how-to-change-the-mysql-timeout-on-a-server/
