Jak posortować to zapytanie MySQL

Myślę, że chcesz:

SELECT CONCAT(
    GROUP_CONCAT(
        'SELECT ''', COLUMN_NAME,''' MyColumns, SUM(`', COLUMN_NAME,'`) Total FROM mydb.source_table' 
        SEPARATOR '\n UNION ALL \n'
    ),
    '\nORDER BY Total DESC'
)
INTO @sql
FROM  INFORMATION_SCHEMA.COLUMNS
WHERE 
    TABLE_SCHEMA = 'mydb' 
    AND TABLE_NAME   = 'source_table'
    AND COLUMN_NAME NOT IN ('ID', 'Name');

Uzasadnienie:ORDER BY klauzula powinna następować po wszystkie UNION ALL podzapytania - więc musi być poza GROUP_CONCAT() , w zewnętrznej CONCAT() .

Pamiętaj również, że nie potrzebujesz CONCAT() w GROUP_CONCAT() :MySQL robi to już domyślnie.