mySQL suma dwóch wartości w 2 różnych tabelach

Musisz UNION dwa stoły:

SELECT reference, SUM(quantity) AS total_quantity
FROM (
  SELECT reference, quantity
  FROM table_1

  UNION ALL

  SELECT reference, quantity
  FROM table_2) AS t
GROUP BY reference

W ten sposób masz gwarancję otrzymania rekordu dla reference wartość, nawet jeśli jest zawarta tylko w jednej z dwóch tabel.