Usuwanie ostatniego przecinka w pętli while - PHP

Całe twoje podejście jest złe, nie powinieneś próbować tworzyć JSON ręcznie. Umieść wszystkie wiersze w tablicy i pozwól json_encode() zrób to wszystko za Ciebie.

$result = array();
while ($r = mysql_fetch_assoc($sth)) {
    $result[] = $r;
}
echo json_encode($result);