Najpierw status. Sztuczka polega na tym, że musisz pytać tylko według kategorii.
SELECT * from table where status in (1,0) and category = 'whatever'
i nadal uzyskać wsparcie indeksu. Oczywiście, jeśli wszystkie Twoje zapytania używają obu kolumn, to i tak jest tak samo, ale w tym przypadku, jeśli używasz tylko statusu, jest to znacznie lepsze, a tylko kategoria tylko nieznacznie gorsza, jeśli w ogóle.
Jeśli patrzysz również na wiele insertów, chcesz zminimalizować liczbę indeksów, więc jest to najlepszy wybór, a nie posiadanie wielu indeksów.