Można to zrobić na różne sposoby.1. Konwertuj swój CSS na PHP, tj. CSS jest generowany, ale wszystko może być dynamiczne - prawdopodobnie przesada dla kilku kolorów2. Zastąp style w arkuszu stylów
Najprostszym sposobem, prawdopodobnie nie najlepszym, jest numer 2, nadpisanie stylu po arkuszu stylów nowym kolorem.
czyli (kod sudo)
<html><head>
....
<style ... src="..." />
<style>
// from db
#custom { background: #<?php echo $colour; ?> }
</style>
itp.