Dzięki komentarzowi @marcus-adams zrozumiałem. Musisz użyć '/qn', '/x' i '{installer:mysqlUninstallKey}' jako oddzielnych argumentów w akcji 'Uruchom plik wykonywalny lub plik wsadowy' install4j. Jeśli użyjesz 1 argumentu ze spacjami, to nie zadziała. Dzięki temu działa na 32-bitowych i 64-bitowych.
