Klasy, które znajdują się na oryginalnym <select>
są kopiowane do <div>
wygenerowane przez Select2, więc nie powinieneś oczekiwać, że otrzymasz swój oryginalny <select>
po prostu za pomocą selektora klas.
To, co się teraz dzieje, to ustawienie .html()
<div>
zamiast <select>
, dlatego nie jest już poprawnie wyświetlany. Zamiast robić
$(".cr_coursedescription").html(html);
Powinieneś wypróbować
$("select.cr_coursedescription").html(html);
Więc pobiera tylko <select>
element.