Klasy, które znajdują się na oryginalnym <select> są kopiowane do <div> wygenerowane przez Select2, więc nie powinieneś oczekiwać, że otrzymasz swój oryginalny <select> po prostu za pomocą selektora klas.
To, co się teraz dzieje, to ustawienie .html() <div> zamiast <select> , dlatego nie jest już poprawnie wyświetlany. Zamiast robić
$(".cr_coursedescription").html(html);
Powinieneś wypróbować
$("select.cr_coursedescription").html(html);
Więc pobiera tylko <select> element.