Najpierw zatrzymaj MySQL (i upewnij się, że nie są uruchomione żadne procesy MySQL), usuń pliki ib_logfile* z katalogu danych mysql, a następnie ponownie uruchom MySQL. Następnie odtworzy te pliki. Oto polecenia:
/etc/init.d/mysql stop
cd /var/lib/mysql/
mv ib_logfile0 ~/
mv ib_logfile1 ~/
/etc/init.d/mysql start
Powyższe przenosi pliki dziennika do folderu domowego użytkownika na wypadek, gdybyśmy musieli je przywrócić.